Voor de studie geneeskunde zijn een beperkt aantal opleidingsplekken: zo'n 3.000 nieuwe per jaar. De vraag overstijgt het aanbod, dus is voor de bacheloropleiding een numerus fixus ingesteld.

In het verleden werden de plekken verdeeld via een combinatie van loting en selectie. Studenten met een 8+-cijfer voor hun eindexamen werden direct toegelaten. In 2013 kwam een einde aan deze procedure door de wet ‘Kwaliteit in Verscheidenheid’. De centrale loting werd afgeschaft, en in plaats daarvan mag elke opleiding zijn eigen selectieprocedure bepalen op basis van duidelijke kwaliteitscriteria. Elke opleiding heeft zijn eigen profiel en een aangepaste selectievorm, die zorgt voor een betere match tussen student en opleiding. Deze regeling ging van kracht voor studenten die in collegejaar 2017 startten. De meeste medische opleidingen hadden hun decentrale selectie al eerder georganiseerd.

Inmiddels is in 2020 door de Tweede Kamer een motie aangenomen, waardoor loting weer een rol zou kunnen gaan spelen bij de selectie van studenten. De NFU houdt de ontwikkelingen hierover in de gaten en heeft hierover nauw contact met het ministerie van OC&W, andere opleidingen en (koepel)organisaties.

Bij de meeste masteropleidingen is zij-instroom beperkt mogelijk. Studenten met een andere vooropleiding dan de bachelor geneeskunde kunnen instromen in de masteropleiding geneeskunde na het volgen van een lokale toelatingsprocedure en aansluitend programma.